封面 书名页 版权页 前言 目录页 第1章 绪论 1.1 DNA G-四链体简介 1.1.1 小分子配体靶向DNA G-四链体的抗肿瘤作用机制 1.1.2 DNA G-四链体末端堆积配体 1.1.3 DNA G-四链体沟槽结合配体 1.2 药物配体与生物大分子的相互作用及选择性 1.2.1 药物配体与生物大分子的相互作用 1.2.2 药物配体与生物大分子的选择性 1.3 生物大分子计算机模拟方法 1.3.1 生物大分子的构建——同源模建方法及应用 1.3.2 分子对接方法及应用 1.3.3 分子力学和分子动力学原理与应用 参考文献 第2章 配体与平行型DNA G-四链体沟槽相互作用的理论研究 2.1 引言 2.2 Dist-A二聚体与[d（TGGGGT）]_4序列G-四链体的动力学模拟 2.3 Dist-A二聚体与[d（GGGGGG）]_4序列G-四链体复合物的动力学模拟 2.4 三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质 2.5 基于平行型DNA G-四链体沟槽的药物设计 参考文献 第3章 Dist-A及其衍生物与反平行型DNA G-四链体相互作用的分子动力学研究 3.1 引言 3.2 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的分子对接 3.3 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的动力学模拟 3.3.1 动力学模拟体系 3.3.2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体宽沟槽方向上的动力学行为 3.3.3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体中沟槽方向上的动力学行为 3.3.4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体窄沟槽方向上的动力学行为 3.3.5 配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响 3.3.6 MM_GBSA能量分析 参考文献 第4章 类固醇衍生物选择性识别端粒DNA G-四链体/B-DNA的分子动力学研究 4.1 引言 4.2 类固醇衍生物与杂化型端粒DNA G-四链体的分子对接 4.3 Steroid FG与杂化型端粒DNA G-四链体复合物动力学模拟 4.4 Steroid FG与B-DNA复合物动力学模拟 4.5 MM_PBSA能量计算 4.6 基于杂化型端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计 参考文献 第5章 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学研究 5.1 引言 5.2 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子对接 5.2.1 配体的选择 5.2.2 端粒DNA G-四链体的选择 5.2.3 分子对接 5.3 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟 5.3.1 复合物动力学模拟体系及模拟时间 5.3.2 浙贝碱/1NP9（1∶1）复合物的动力学模拟 5.3.3 浙贝碱/1NP9（2∶1）复合物的动力学模拟 5.3.4 浙贝碱/1KF1复合物的动力学模拟 5.3.5 浙贝碱/143D复合物的动力学模拟 5.3.6 G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响 5.3.7 G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响 5.3.8 浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能 第6章 螺旋烃M与高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟研究 6.1 引言 6.2 螺旋烃M与不同高阶端粒DNA G-四链体的分子对接 6.2.1 螺旋烃M分子结构 6.2.2 分子对接结果 6.3 高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟 6.3.1 二阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟 6.3.2 三阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟 6.4 高阶端粒DNA G-四链体的PCA分析 6.5 高阶端粒DNA G-四链体的均方根涨落值分析 6.6 螺旋烃M对二重复单元端粒DNA G-四链体结构的影响 6.7 螺旋烃M对三重复端粒DNA G-四链体结构的影响 参考文献 第7章 RNA适配子与NF-κB P50相互作用的分子动力学模拟研究 7.1 引言 7.2 29-nt RNA/P50复合物的分子动力学模拟 7.2.1 29-nt RNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性 7.2.2 复合物结构的波动性 7.2.3 RNA和P50的静电势 7.2.4 29-nt RNA与P50相互作用位点 7.2.5 P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性 7.2.6 P50单体结构的波动性 7.2.7 29-nt RNA/P50复合物体系自由能 7.3 自由29-nt RNA的构象动力学模拟 7.3.1 自由29-nt RNA分子动力学模拟的轨迹稳定性 7.3.2 自由29-nt RNA结构的波动性 7.3.3 自由29-nt RNA分子动力学模拟构象 7.3.4 自由29-nt RNA螺旋参数 7.4 突变RNA的构象动力学模拟 7.4.1 突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性 7.4.2 突变RNA结构的波动性 7.4.3 突变RNA螺旋参数 7.4.4 自由29-nt RNA和突变RNA的自由能 参考文献 ..更多