施工单位A可采取的处理方法有：
   (1)在标前答疑会上向招标单位提出质疑；
   (2)直接按照招标工程量清单报价。

在不提高总价的前提下，前期工程提高报价合理。
   理由：提高前期工程报价有利于施工单位尽早收回工程款。

说明如下：
   (1)施工单位C的投标文件有效。经法定代表人授权的被授权人有权在投标函上签字，具有被授权人签字和单位印章的投标文件有效。
   (2)施工单位D的投标文件无效。没有响应招标文件的实质性要求(或：附有招标人无法接受的条件)。
   (3)施工单位E的投标文件有效。总价金额汇总有误属于细微偏差(或：明显的计算错误允许补正)。

建设单位违反了招标投标有关法规的下列具体规定：
   (1)确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判；
   (2)招标人与中标人必须按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

采用两套单钩提升不妥，因为该井筒净直径5m，只能布置1只3m³吊桶；采用单滚筒提升机不妥，因为该煤矿采用一对主副立井开拓方式，因此，必须考虑主井临时改绞提升，主井施工应布置一台双滚筒提升机，根据井筒深度，宜选用1台2JK/3.5提升机，以满足二期工程的施工，而不至于在二期施工时更换提升机；配置2台Hz-6型中心回转抓岩机出渣不妥，因井筒较小，只能布置1台。

井筒基岩段防治水的方法有地面预注浆、工作面预注浆、壁后注浆。该井筒适宜采用工作面预注浆的方法和井筒壁后注浆。

保证混凝土浇筑的质量措施有：合理的混凝土配比和坍落度；对称分层浇筑；严格按照要求分层振捣密实；对井壁淋水采用截水槽的方法，对岩壁涌水采用疏导的方法严格控制淋水涌水进入混凝土中。

采用壁后注浆堵水时应注意事项：
   钻孔时经常检查孔内涌水量和含沙量。涌水较大或含有沙时，必须停止钻进，及时注浆；钻孔中无水时，必须及时严密封孔。
   井筒在流沙层部位时，注浆孔深度应至少小于井壁厚度200mm。双层井壁支护时，注浆孔应进入外壁100mm。如必须进行破壁注浆时，需制定专门措施，报上级批准。
   井壁必须有能承受最大注浆压力的强度，否则不得注浆。

标注如图1。
   

基岩坚硬岩层段爆破所采用的掏槽方式不正确，是因为工作面打眼选用的是伞钻，伞钻打斜眼不方便。正确的掏槽方式应采用直眼掏槽，具体炮眼布置见图2。
   

井筒基岩坚硬岩层段爆破，周边眼的布置应根据光面爆破的要求进行布置，周边眼的间距E通常为400～500mm，周边眼与最小抵抗线W的比E/W应满足0.8～1.0的要求。

井筒基岩坚硬岩层段爆破炮眼的装药量应根据其作用采用不同的装药量，掏槽眼通常装药长度系数应为0.7～0.8，辅助眼的装药长度系数通常为0.5～0.6，周边眼的装药量考虑围岩为坚硬岩层，其装药量为250～350g/m。

施工单位在执行合同时，存在违规分包的行为。基坑维护工程不得进行分包，分包违反了原合同第(1)款的约定。另外，施工单位应加强对分包单位的管理。

业主在工程建设中，违反工程建设的相关规定，没有按照规定办理完相关手续即将工程进行发包和施工，应承担由此而产生的一切后果。

业主开出的罚单费用计算不合理。根据合同第(3)款的约定，延误工期每天罚款1000元。本工程建设中，第一项工期延误是雨期施工，耽误了皮带走廊与井口房的施工衔接，该项工期延误应当由施工单位承担责任；第二项工期延误是业主部分手续未办理造成的，不是施工单位的责任。因此，由施工单位原因造成的工期延长时间是10d，应罚款1.0万元，加上违章用电罚款1.0万元，只能罚款2.0万元。